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根據(jù)國(guó)際上對(duì)益生菌菌株安全性評(píng)估的新進(jìn)展和我國(guó)對(duì)益生菌安全性評(píng)價(jià)的需求，針對(duì)新屬種的益生菌菌株的安全性評(píng)估，應(yīng)基于全基因組測(cè)序生物信息分析，闡述待評(píng)價(jià)的益生菌菌株所攜帶的耐藥基因、致病性基因和環(huán)境抗性基因的特征，結(jié)合體外微生物學(xué)檢測(cè)和體內(nèi)動(dòng)物毒理學(xué)評(píng)價(jià)，以及人群和臨床試驗(yàn)的安全評(píng)價(jià)等作為關(guān)鍵標(biāo)準(zhǔn)，判斷菌株的安全性。

目前市場(chǎng)上的主流益生菌菌株主要分離自健康人體和具有長(zhǎng)期安全食用歷史的發(fā)酵食品，大多數(shù)菌株被認(rèn)為無(wú)致病性的共生微生物。我國(guó)市場(chǎng)上使用的益生菌安全性已得到歐洲食品安全局、美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局中國(guó)國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)等權(quán)威機(jī)構(gòu)的認(rèn)可。益生菌產(chǎn)品應(yīng)用于健康消費(fèi)者是安全的。

我國(guó)基本形成了一套較為完善的益生菌標(biāo)準(zhǔn)法規(guī)體系。在使用菌種的選擇上，原衛(wèi)生部2001年頒布《可用于保健食品的益生菌菌種名單》，2010年頒布《可用于食品的菌種名單》和2011年頒布《可用于嬰幼兒食品的菌種名單》。近幾年基于科學(xué)的基礎(chǔ)研究成果又通過(guò)批準(zhǔn)文號(hào)、許可公告或者是主動(dòng)公布清單等形式發(fā)布可使用的菌種名錄。配合上述菌種在食品中的使用與監(jiān)管。